Однако начавшийся в конце 1980-х гг. политико-идеологический кризис привел к девальвации определяющей роли марксистско-ленинского подхода к научному познанию и, в итоге, определил возникновение методологического кризиса в исторической науке.
Процесс его преодоления проходил в 2-х направлениях. Во-первых, - посредством заимствования методологических подходов зарубежных научных школ (например, психоистория, гендерная история, цивилизационный подход и др.). Во-вторых, - в переосмыслении опыта развития отечественной методологии исторической науки и создании новых, кардинально отличных от марксистско-ленинской концепции, методологических принципов, которые позволили бы перейти российской исторической науке на новый этап развития.
Однако, несмотря на появление и достаточно успешное внедрение новых подходов, многие признаки кризиса продолжают сохраняться, что не позволяет нам говорить о его полном преодолении в настоящее время. В первую очередь это проявляется в слабом внедрении методологических инноваций в научную деятельность региональных научных центров, бессистемности анализа исторических явлений (в доминанте социально-экономического фактора как главной детерминанты исторического развития и отрицании роли других, не менее важных, сил развития общества), отсутствии реального методологического плюрализма в исторической науке, что выражается в отторжении новых методологических принципов.
Сохранение данной ситуации обусловлено следующими факторами:
1) Слабая связь ведущих научных центров Москвы и Санкт-Петербурга с региональными ВУЗами (особенно в Сибирском федеральном округе) по причинам:
а) ликвидации существовавшей в советское время системы распределения научных кадров, при которой выпускники ВУЗов Москвы и Ленинграда направлялись для научной работы в региональные научные центры, что в целом способствовало повышению уровня научных исследований провинциальных ВУЗов.
б) недостаточного уровня научной интеграции, что объясняется сложной экономической ситуацией в стране и финансовыми трудностями многих региональных ВУЗов.
2) Ограниченный объем библиотечных фондов многих региональных научных центров.
3) Большой удельный вес преподавателей и сотрудников старшего возраста, мировоззренческие позиции которых во многом определяются марксистско-ленинским подходом.
4) Недостаточный уровень координации научной деятельности между отдельными регионами, прежде всего, в сфере методологии исторической науки.
5) Низкий уровень использования новейших информационных технологий в научных исследованиях и отторжение полученной с их помощью информации.
6) Приоритет для основной части преподавательского состава региональных ВУЗов преподавательской работы над научной деятельностью.
Данные факторы в целом снижают потенциал развития и, во-многом, определяют сохранение негативных явлений в региональной исторической науке. Складывается ситуация при которой основные методологические школы и направления базируются, прежде всего, в Москве, Санкт-Петербурге и имеются лишь в небольшом числе провинциальных научных центров.
Преодоление негативных явлений в методологии исторической науки в перспективе, как нам представляется, является возможным за счет более глубокой интеграции и координации научной деятельности региональных ВУЗов как, прежде всего, с научными центрами Москвы и Санкт-Петербурга, так и между собой. Проявляться это должно, в первую очередь, в освоении и активном внедрении в научную практику новейших методологических подходов и, как следствие, повышению уровня научных исследований в региональных научных центрах.