Scientific journal
Advances in current natural sciences
ISSN 1681-7494
"Перечень" ВАК
ИФ РИНЦ = 0,775

THE EFFECT OF HYDROPHILITY OF ZWITTERIONIC-IONIC FORMS OF SERINE AND THREONINE ON THE VIBRATIONAL ABSORPTION SPECTR

Scherbakova N.E. 1 Ten G.N. 2 Baranov V.I. 3
1 Russian Research Anti-Plague Institute «Microbe»
2 N.G. Chernyshevsky Saratov State University
3 V.I. Vernadskiy Institute of Geochemistry and Analytical Chemistry of the Russian Academy of Sciences
Carried out was calculation of frequencies and intensities of the absorption bands of IR spectra of serine and threonine zwitterionic-ionic forms for the aqueous solution, taking into account the interaction with water by two methods the method of accounting the influence of the Van der Waals forces (model of self-consistent reaction field SCRF) and the method of formation of hydrogen bonds between serine, threonine and water molecules. Comparison of the experimental spectra of serine and threonine, measured in an aqueous solution, with the theoretical IR spectra shows that the spectra are in good agreement only if both methods are applied simultaneously, that is the result of their hydrophilicity. The formation of complexes with observed conformational changes of serine and threonine is associated with a decrease in SS, SP+ and an increase in the CO bond lengths of 0.3 % and a variation on 3-5 degrees of valence angles. Values of the lengths of the hydrogen bonds for serine and threonine are typical values for bipolar and carboxyl groups and are equal to 2,86, 2,74 and 2,80 Å for N+Н…Оw, O-…HOw and ОН…Ow, respectively. The influence of hydrogen bonds on the vibrational IR spectra of serine and threonine leads to decrease in the intensity of the absorption bands related to the stretching vibrations n(COO-) and offset of the frequency of deformation vibrations d(N+H3) in the high-frequency region.
serine
threonine
aqueous solution
self-consistent reaction field method
complexes with water molecules
the IR vibrational spectrum
interpretation
hydrophility
1. Garaev S.N., Redkozubova G.V., Postolati G.V. Aminokisloty v zhivom organizme. Kishinev, 2009. 552 р.
2. Kuhta V.K., Morozkina T.E., Oleckij Z.I., Taganovich A.D. Biologicheskaja himija: uchebnik / pod red. A.D. Taganovicha. M.: BINOM, 2008. 688 р.
3. Parker F.S. Application of infrared spectroscopy in biochemistry, biology and medicine. New York: Plenum press, 1971. 483 p.
4. Chuev G.H., Sokolov V.F. Ocenka gidrofobnogo jeffekta na osnove metoda funkcionala plotnosti sredy // Biofizika. 2006. T. 51, no. 3. рр. 402–408.
5. Frisch M.J., Trucks G.W., Schlegel H.B. et al. Gaussian 09. Gaussian Inc., Wallingford CT. 2009. 394 p.
6. Hernandez B., Pfluger F., Adenier A., Nsangou M., Kruglik S.G., Ghomi M. Energy maps, side chain conformational flexibility, and vibrational features of polar amino acids L-serine and L-threonine in aqueous environment // J. Chem. Phys. 2011. V. 135. рр. 055101–055107.

Многие свойства и функции аминокислот (АК) зависят от их способности взаимодействовать с водой. Одни из АК легко образуют различные комплексы с молекулами воды, структура других, напротив, содержит различные молекулярные фрагменты (гидрофобные группы), препятствующие взаимодействию АК с водой. Именно гидрофильность или гидрофобность АК, характеризующие их сродство к воде, играют определяющую роль в таких важных процессах жизнедеятельности, как усвоение аминокислот и выведение продуктов реакции из организма, а также обеспечивают сворачиваемость белков [1–3].

Важным аспектом исследования АК в водном растворе является их структура. Как известно, в водном растворе АК в соответствии со своей амфотерной природой могут иметь разную ионную форму при разных рН. Поскольку в нейтральном водном растворе все АК, независимо от их гидрофильности или гидрофобности, имеют цвиттер-ионную форму, то возникает необходимость определить, как гидрофильность влияет на колебательные спектры АК.

Для решения этой задачи необходимо в первую очередь определить, какой использовать метод для анализа гидрофильности вещества. В настоящее время существуют различные экспериментальные и теоретические методы исследования этого свойства. В частности, предлагаются различные статистические модели расчета гидрофобной и гидрофильной гидратации, методы молекулярной динамики для исследования структурных и энергетических характеристик гидратации вещества, используется методика расчёта энергии сольватации малых гидрофобных частиц и вычисления потенциала их взаимодействия и т.д. [4].

Несомненно, спектральные методы являются одними из самых широко используемых традиционных методов исследования взаимодействия вещества с водой. Межмолекулярное взаимодействие вещества с водой приводит к смещению частот валентных колебаний, участвующих в образовании водородных связей, и изменению интенсивности соответствующих полос поглощения.

Цель данной работы – определить влияние гидрофильности на колебательные спектры цвиттер-ионных форм серина (Ser) и треонина (Thr).

Метод расчёта

Оптимизация структуры АК и их комплексов с молекулами воды, а также расчёт колебательных спектров проводился по программе Gaussian-09 с использованием метода DFT в приближении B3LYP и базисного набора 6-311++g(d,p) [5].

Для характеристики межмолекулярного взаимодействия (ММВ) можно использовать два метода: метод эффективного учёта ММВ (например, с помощью модели самосогласованного реактивного поля SCRF), либо непосредственный учёт ММВ, который предполагает образование молекулярных комплексов АК с молекулами воды. Цвиттер-ионные формы всех АК, независимо от их гидрофобности или гидрофильности, стабилизируются первым методом. При этом для алифатических аминокислот, а также цистеина и метионина, обладающих свойством гидрофобности, наблюдается хорошее согласие экспериментальных и вычисленных колебательных спектров. Очевидно, что для АК, обладающих свойством гидрофильности, возможно образование водородных связей с молекулами воды, что окажет влияние на колебательные спектры и приведёт к значительному изменению спектров по сравнению со спектрами, вычисленными только с помощью метода эффективного учёта ММВ. Основной критерий проявления гидрофильности цвиттер-ионных форм Ser и Thr в водном растворе сравнение вычисленных и экспериментальных колебательных спектров рассматриваемых АК.

Результаты исследования и их обсуждение

Наиболее целесообразно выполнять расчёт ИК-спектров Ser и Thr, поскольку спектры КР менее чувствительны к проявлению водородных связей. Кроме того, анализ проявления гидрофильности ограничить спектральной областью 600–1700 см-1, что связано с наличием экспериментальных колебательных спектров водных растворов Ser и Thr для этой области. Большинство колебаний в области 600–1700 см-1 являются деформационными, которые значительно меньше подвержены влиянию водородных связей и для большинства молекул редко бывают характеристичными. Именно поэтому влияние водородных связей на колебательный спектр в рассматриваемой области будет иметь индивидуальный характер и давать однозначный ответ о характере взаимодействия Ser и Thr с молекулами воды.

Молекулярные диаграммы Ser и Thr, а также комплексы Ser с шестью (Ser:6w) и Thr с семью (Thr:7w) молекулами воды приведены на рис. 1.

cherb1.tif

Рис. 1. Молекулярные диаграммы цвиттер-ионных форм Ser, Thr и комплексов Ser с 6 и Thr с 7 молекулами воды

Образование водородных связей между Ser, Thr и молекулами воды приводит к конформационному изменению АК. В комплексе Ser:6w наблюдается уменьшение СС, СN+ и увеличение CO- длин связей на 0,3 %; изменение валентных углов не превышает 3-5 град. Длины водородных связей N+Н…Оw, O-…HOw и ОН…Ow равны 2.86, 2.74 и 2.80 A, соответственно. Для комплекса Thr:7w структурные изменения носят аналогичный характер.

Вычисленные в гармоническом приближении значения частот нормальных колебаний Ser и комплекса Ser:6w приведены в табл. 1.

Таблица 1

Вычисленные (nр, cм-1) значения частот и интенсивностей спектров ИК (IИК, км/моль) Ser и комплекса Ser:6w

Ser

Ser:6w

νр

IИК

Отнесение

νр

IИК

Отнесение

10

667

15,2

δ(CCN+)

634

26,3

δ(CCN+)

11

764

9,0

ω(COO-)

775

127,2

τ(COH)

12

833

97,0

τ(COH)

785

49,1

ω(COO-)

13

934

57,9

ν(C-C)

993

21,1

ν(C-C)

14

976

53,2

ν(CN+)

1000

13,4

ν(CN+)

15

1027

49,2

ω(CH2)

1046

23,0

ω(N+H3)

16

1088

87,5

ν(CO)

1090

42,8

ν(CO)

17

1100

56,7

ω(N+H3)

1169

17,2

τ(N+H3)

18

1139

30,5

τ(N+H3)

1195

9,0

ω(СH2)

19

1255

1,1

τ(СH2)

1249

8,7

δ(COH)

20

1273

69,4

δ(COH)

1328

83,4

τ(CH2)

21

1325

126,0

ν(COO-) sym

1342

76,1

δ(CH2) asym

22

1353

89,4

δ(CH2) asym

1380

73,7

δ(CH)

23

1358

61,9

δ(CH)

1405

68,5

ν(COO-) sym

24

1428

526,6

δ(N+H3) sym

1477

15,1

ω(CH2)

25

1475

30,0

ω(CH2)

1510

6,1

δ(CH2) sym

26

1520

5,2

δ(CH2) sym

1596

114,4

δ(N+H3) sym

27

1623

114,4

δ(N+H3) asym

1655

374,1

ν(COO-) asym

28

1665

47,9

δ(N+H3) asym

1724

28,7

δ(N+H3) asym

29

1670

736,8

ν(COO-) asym

1733

54,3

δ(N+H3) asym

Примечание: ν – валентные колебания связи; δ – деформационные колебания; w – веерные, t – крутильные колебания.

Влияние водородных связей на колебательный ИК-спектр Ser приводит к следующим характерным изменениям:

1) наблюдается уменьшение интенсивности (в ~ 2 раза) полосы поглощения, относящейся к валентному колебанию n(COO-);

2) частоты деформационных колебаний d(N+H3) смещаются в высокочастотную область на 150-200 см-1.

В результате образования водородных связей Ser с молекулами воды наблюдается изменение частот и интенсивностей полос поглощения по сравнению с частотами и интенсивностями ИК-спектра, вычисленного методом SCRF (рис. 2, б), что приводит к хорошему согласию с экспериментальным спектром Ser (рис. 2, а и в).

cherb2.tif

Рис. 2. Экспериментальный (а) [6] и вычисленные ИК-спектры Ser (б) и комплекса Ser:6w (в) в водном растворе

cherb3.tif

Рис. 3. Экспериментальный (а) [6] и вычисленные ИК-спектры Thr (б) и комплекса Thr:7w (в) в водном растворе

Результаты расчёта частот нормальных колебаний и интенсивностей полос поглощения ИК-спектра Thr и комплекса Thr:7w приведены в табл. 2.

Таблица 2

Вычисленные (nг, cм-1) значения частот и интенсивностей спектров ИК (IИК, км/моль) Thr и комплекса Thr:7w

Thr

Thr:7ω

νр

IИК

Отнесение

νр

IИК

Отнесение

13

660

18,8

δ(CCN+)

651

31,1

δ(CCN+)

14

768

21,3

δ(CCC)

788

122,1

δ(CCC)

15

839

7,0

δ(CCC)

846

9,0

δ(CCC)

16

871

97,0

ω(COO-)

894

35,5

ω(COO-)

17

921

60,6

ω( N+H3)

939

28,9

ν(CN+)

18

976

34,8

ν(CN+)

986

10,5

ω( N+H3)

19

1037

43,4

ν(C-C)

1049

36,9

ν(C-C)

20

1072

121,6

τ(COH)

1114

14,5

τ(COH)

21

1107

67,4

τ(N+H3)

1140

84,1

τ(СH3)

22

1124

32,0

τ(СH3)

1168

11,3

τ(N+H3)

23

1153

52,0

ν(CO)

1186

11,2

ν(CO)

24

1236

65,8

δ(COH)

1295

6,3

δ(CH)

25

1285

4,4

δ(CH)

1340

30,8

δ(COH)

26

1346

278,3

ν(COO-) sym

1369

40,0

δ(CH)

27

1364

65,5

δ(CH)

1376

20,5

ν(COO-) sym

28

1382

22,8

δ(CH)

1402

23,1

δ(CH)

29

1398

73,5

ω(CH2)

1405

33,3

ω(CH2)

30

1416

20,0

δ(CH3) sym

1450

13,3

δ(CH3) sym

31

1429

510,5

δ(N+H3) sym

1495

10,8

δ(CH3) asym

32

1487

8,7

δ(CH3) asym

1502

6,5

δ(CH3) asym

33

1494

22,7

δ(CH3) asym

1601

15,3

δ(N+H3) sym

34

1602

53,6

δ(N+H3) asym

1665

190,8

ν(COO-) sym

35

1668

707,7

ν(COO-) sym

1698

79,7

δ(N+H3) asym

36

1670

85,7

δ(N+H3) asym

1727

50,4

δ(N+H3) asym

Примечание: ν – валентные колебания связи; δ – деформационные колебания; w – веерные, t – крутильные колебания.

Влияние внутримолекулярной водородной связи между полярной группой N+H3 и связью ОН приводит к тому, что частота деформационного колебания d(N+H3) в спектре Thr выше частоты валентного n(COO-) колебания. Образование водородных связей Thr с молекулами воды приводит к ещё бoльшему (на ~ 50–150 см-1) смещению частот деформационных колебаний d(N+H3) в высокочастотную область. Так же, как и в спектре Ser, наблюдается уменьшение интенсивности полос поглощения, относящихся к валентному колебанию n(COO-), но оно более существенно от 3, 5 до 10 раз (табл. 2).

Изменения, наблюдающиеся в ИК-спектре комплекса Thr:7w (рис. 3, б, в), приводят к хорошему согласию с экспериментальным спектром Thr, измеренным для водного раствора (рис. 3, а).

Выводы

Таким образом, расчёт частот и интенсивностей ИК-спектров поглощения комплексов гидроксиаминокислот показал, что при расчёте колебательных спектров Ser и Thr в водном растворе недостаточно выполнять расчёты только методом эффективного учёта ММВ. Необходимо одновременно использовать и метод эффективного учёта ММВ, и метод непосредственного учёта ММВ за счёт образования молекулярных комплексов АК с молекулами воды, что подтверждается хорошим согласием экспериментальных и вычисленных ИК-спектров Ser и Thr и является результатом их гидрофильности.