Бассейн реки Кубани – самый крупный по величине и водности на Северном Кавказе. Площадь водосбора – 5790 км. Рельеф бассейна неоднороден: около 40 % территории расположено в пределах равнинной зоны, 20 % – пределах предгорий, а остальные 40 % почти поровну распределены между горной и высокогорной зонами. Бассейн реки Кубани односторонний, асимметричный, притоки в основном левые. В высотном отношении бассейн – делится на четыре основные зоны: равнинную (0–200 м), предгорную (200–500 м), горную (500–1000 м), высокогорную – свыше 1000 м над уровнем моря. Густота речной сети 0,7–0,9 км/км², в верховьях – 1,5–1,9 км/км². Качество воды по уровню загрязнения в бассейне определяется влиянием многих факторов. Это сброс недостаточно очищенных и загрязненных сточных вод промышленных предприятий, смыв минеральных удобрений и органических веществ с сельхозугодий и животноводческих ферм, поступление пестицидов со сбросными водами оросительных систем, а также влияние маломерного флота. На уровень загрязнения влияют аварийные ситуации и стихийные бедствия, прежде всего наводнения, которые в последние годы стали нередкими. В бассейне насчитывается более 200 водопользователей, сбрасывающих сточные воды в природные водные объекты в количестве около 7 млрд м3 и более. Устьевые участки Кубани подвергаются влиянию рисосеяния. С рисовых оросительных систем в лиманы поступает ежегодно около 1,5 км3 коллекторно-дренажных вод с повышенной минерализацией (до 2000 мг/л) и высоким содержанием сульфатов (200–1000 мг/л), значительным содержанием взвешенных и органических веществ, азота.
Поступление коллекторно-дренажных вод в водные объекты вызывает ухудшение экологической обстановки, массовые заболевания и гибель рыбы, что наносит ущерб рыбному хозяйству. В результате этих воздействий с 60-х годов в низовьях Кубани экологическая обстановка резко обострилась. Особую тревогу вызывает состояние лиманов дельты реки, где обитает более 60 видов рыб. В результате хозяйственной деятельности нарушается гидрохимический режим рек бассейна, изменяется структура ионного состава, а минерализация воды существенно отличается от природного фона.
Для определения современного экологического состояния бассейна реки Кубани, выявления сложившихся экологических проблем, их сущности и оценки, пространственных закономерностей локализации, взаимосвязи и взаимообусловленности наиболее приемлемым является эколого-географический подход, позволяющий определить связи между природными особенностями территории и антропогенной нагрузкой на ландшафты во временном и пространственном аспекте.
В бассейне реки Кубани выделено пять эколого-географических районов, на основании степени трансформации природных компонентов (атмосферного воздуха, водных ресурсов, природных ландшафтов). Для первого района (территории Тебердинского и Кавказского государственных заповедников, ряда заказников) характерно минимальное воздействие антропогенной нагрузки. Экологическая ситуация в пределах их ландшафтов благоприятная, ПДК атмосферного воздуха и водных ресурсов в норме. Ландшафты высокогорий Главного и Передового хребтов представляют собой естественные ненарушенные природные комплексы.
Территория второго района соответствует ландшафтам верхней части среднегорий запада бассейна реки Кубани. Загрязнение речных вод, атмосферы и почв незначительны. Антропогенные нарушения ландшафтов обусловлены ведением сельского и лесного хозяйства.
Третий район характеризуются более высокой интенсивностью антропогенного воздействия на ландшафты, что связано с ведением сельского хозяйства (отгонное животноводство, развитое растениеводство), наличием незначительных предприятий перерабатывающей промышленности и лесного хозяйства, развитой транспортной сетью. Экологическое состояние окружающей среды удовлетворительное, что соответствует преимущественно для лесных ландшафтов среднегорий бассейна реки Кубани.
Четвертый район – зона интенсивной хозяйственной деятельности в низкогорных ландшафтах бассейна реки Кубани, где расположены предприятия легкой, перерабатывающей промышленности, строительной индустрии, развитое животноводство и земледелие. Антропогенное влияние на природные ландшафты возрастает, что подтверждается эрозионными и оползневыми процессами, деградацией почв, поднятием уровня грунтовых вод, загрязнением приземного слоя атмосферы. Экологическое состояние окружающей природной среды характеризуется как напряженное, природные ландшафты в результате антропогенной деятельности потеряли естественную привлекательность и уникальность.
Пятый район – зона ландшафтов с критической или предкритической степенью загрязненности, наблюдаются локально в пределах Урупского, Усть-Джегутинского районов Карачаево-Черкесской республики, в городах: Черкесск, Невинномысск, Армавир, Усть-Лабинск, Краснодар. Критическая экологическая ситуация связана с промышленностью и деятельности горно-обогатительного комплекса, интенсивно загрязнены речные воды, приземный слой атмосферы.
Эколого-географическое районирование и создание сети территорий с обозначенными режимами природопользования в границах бассейна позволяют обеспечить экологическую устойчивость природных взаимосвязей, биологическое разнообразие и рациональное использование природных ресурсов.